Лібрето «Мазепи» написав Віктор Петрович Буренін за мотивами поеми Пушкіна «Полтава». Однак Чайковський вніс до нього зміни, замінивши скрізь, де це було можливо, текст Буреніна текстом Пушкіна, не втрачаючи зосередженості першого на головному герої, Мазепі, і не охоплюючи більшого історичного масштабу останнього. Опера складається з трьох актів і шести сцен, а її сюжет розгортається в Росії початку вісімнадцятого століття. Марія, дочка заможного козака Кочубея, освідчується в коханні значно старшому Мазепі. Потім Андрій заявляє про своє пристрасне кохання до неї. Мазепа просить у Кочубея руки його дочки, але йому відмовляють. Задум Кочубея викрити цареві антицарські інтриги Мазепи має зворотний результат, і він потрапляє в темницю. Тим часом Мазепа розкриває свої плани Марії, яка нічого не знає про ув'язнення свого батька. Любов, мати Марії, повідомляє їй про біду батька. Марія поспішає врятувати свого батька, але прибуває через кілька хвилин після того, як його обезголовили. Під час Полтавської битви Андрій влаштовує засідку на Мазепу, який потім стріляє в нього. Марія втішає вмираючого Андрія, а Орлик тягне Мазепу.
