Мендельсон опубликовал свои Шесть органных сонат, соч. Ему исполнилось 65 лет в 1845 году. Он приобрел репутацию органиста благодаря своим импровизационным способностям и превосходному исполнению музыки Баха. Эти качества проявились в органных сонатах, которые были заказаны как «набор добровольных сочинений» английскими издателями Ковентри и Холлиером в 1844 году. В первоначальном объявлении издателя эта работа называлась «Школа игры на органе Мендельсона», но это название было отменено. по желанию композитора. Использование термина «соната», когда речь идет об этих пьесах, относится не к классической сонате, а к сонате в понимании Баха: сборнику или сюите различных пьес. Сонаты содержат отсылки к ряду хоралов Баха. Это технически сложные произведения, и орган должен быть в отличной форме, чтобы их можно было правильно исполнять. Сам Мендельсон отклонил приглашение сыграть сонаты во время визита в Англию, мотивируя это тем, что орган слишком тяжел.