Mendelssohn publicou suas Seis Sonatas para Órgão, Op. 65 em 1845. Ele adquiriu reputação como tocador de órgão por suas habilidades de improvisação e sua excelente execução da música de Bach. Essas qualidades tornaram-se evidentes nas sonatas para órgão, que foram encomendadas como um 'conjunto de voluntários' pelas editoras inglesas Coventry e Hollier em 1844. O anúncio original da editora referia-se à obra como Escola de Tocar Órgão de Mendelssohn, mas este título foi rescindido a pedido do compositor. O uso do termo sonata quando se trata dessas peças não se refere à sonata clássica, mas à sonata tal como entendida por Bach: uma coleção ou conjunto de várias peças. As sonatas incluem referências a vários corais de Bach. São peças tecnicamente exigentes e o órgão deve estar em excelente estado para permitir a execução correcta. O próprio Mendelssohn recusou o convite para tocar as Sonatas quando visitou a Inglaterra, argumentando que o órgão era muito pesado.
