Gerardo Aponte begon zijn muziekstudie in het programma van Jeugdorkesten en Koren van Mexico in 1992 en bleef bij dit programma tot 1994. Hij vervolgde zijn studie privé en kreeg les van onder meer Lech Kwapisz, Jan Sosnowsky, Mikhail Tolpigo en Manuel Suárez. Hij volgde compositielessen bij Salvador Rodríguez. Hij was altviolist in veel van de belangrijkste orkesten van Mexico, zoals het Nationaal Symfonisch Orkest (OSN). Wat kamermuziek betreft, was hij lid van het Silvestre Revueltas String Quartet, Ensamble Permutaciones en Tempus Fugit.