Gerardo Aponte a commencé ses études musicales dans le programme des Orchestres et Chœurs de Jeunes du Mexique en 1992, et est resté dans ce programme jusqu'en 1994. Il a poursuivi ses études en privé et a été enseigné par Lech Kwapisz, Jan Sosnowsky, Mikhail Tolpigo et Manuel Suárez, entre autres. Il a suivi des cours de composition avec Salvador Rodríguez. Il a été altiste dans plusieurs des orchestres les plus importants du Mexique, tels que l'Orchestre Symphonique National (OSN). En matière de musique de chambre, il a été membre du Quatuor à cordes Silvestre Revueltas, Ensamble Permutaciones et Tempus Fugit.