La musique d'orgue de Buxtehude a joué un rôle clé dans la transition vers les styles d'orgue modernes et a pleinement exploité la technologie en développement de l'instrument. Ses œuvres pour orgue comprennent à la fois la tradition des formes instrumentales libres (toccatas, etc.) ainsi que la forme basée sur une mélodie de choral sacré.