Dans ses dernières années, Beethoven, comme beaucoup d’autres compositeurs, se tourna vers la musique de JS Bach pour trouver de nouvelles idées. Cependant, l'admiration de Beethoven pour le maître baroque tardif a commencé alors qu'il était encore à Bonn. Peut-être en hommage aux préludes et fugues de Bach dans toutes les tonalités, Beethoven a composé deux Préludes, employant tous deux chacune des 12 tonalités majeures. Ce sont des œuvres moins réussies que ses chefs-d'œuvre contrapuntiques ultérieurs, comme la Sonate pour piano n° 28, op. 101, le premier mouvement du Quatuor à cordes, op. 131, et la Grosse Fuge, op. 133. Il est possible que Beethoven ait écrit les Préludes, op. 39, comme exercices de composition pour son professeur, Christian Gottlob Neefe (1748-1798). Les Préludes furent publiés en 1803 par Hoffmeister et Kühnel à Leipzig.
