Gerardo Aponte begann sein Musikstudium 1992 im Programm der Jugendorchester und Chöre Mexikos und blieb diesem Programm bis 1994 treu. Er setzte sein Studium privat fort und wurde unter anderem von Lech Kwapisz, Jan Sosnowsky, Mikhail Tolpigo und Manuel Suárez unterrichtet. Er nahm Kompositionsunterricht bei Salvador Rodríguez. Er war Bratschist in vielen der wichtigsten Orchester Mexikos, beispielsweise im National Symphonic Orchestra (OSN). Was die Kammermusik betrifft, war er Mitglied des Silvestre Revueltas String Quartet, des Ensamble Permutaciones und des Tempus Fugit.