نشر مندلسون كتابه Six Organ Sonatas، Op. 65 عام 1845. اكتسب شهرة كعازف أرغن لمهاراته الارتجالية وأدائه الممتاز لموسيقى باخ. أصبحت هذه الصفات واضحة في سوناتات الأرغن، والتي تم تكليفها باعتبارها "مجموعة من التطوعات" من قبل الناشرين الإنجليز كوفنتري وهولييه في عام 1844. أشار الإعلان الأصلي للناشر إلى العمل باسم مدرسة مندلسون لعزف الأرغن، ولكن تم إلغاء هذا العنوان بناء على طلب الملحن. إن استخدام مصطلح السوناتا عندما يتعلق الأمر بتلك المقطوعات لا يشير إلى السوناتا الكلاسيكية، بل إلى السوناتا كما فهمها باخ: مجموعة أو مجموعة من المقطوعات المتنوعة. تتضمن السوناتات إشارات إلى عدد من كورالات باخ. إنها قطع تتطلب الكثير من الناحية الفنية، ويجب أن يكون الأرغن في حالة ممتازة حتى يتمكن من أدائها بالطريقة الصحيحة. رفض مندلسون نفسه دعوة للعب السوناتات عند زيارته لإنجلترا، بحجة أن الأرغن كان ثقيلًا جدًا.
